Sık Sorulan Sorular

FailSafe PCR (Hatasız PCR) sistemi, zorlu DNA dizileri üzerinde yüksek verimlilik ve doğruluk sağlamak amacıyla geliştirilmiş bir PCR yöntemidir. Bu sistem, DNA amplifikasyon sürecinde hataların hedef DNA serisinin doğru bir şekilde çoğaltılmasını sağlar.

Evet. FailSafe PCR sistemi alışılmışın dışında floresan problar (TaqMan/Scorpion, etc ..) ile rahatlıkla kullanılabilir. SYBR Green Real-Time PCR için, son kullanıcının kendi SYBR Green I Dye’ ını PreMix’lere uygun konsantrasyonda eklemesı gereklidir. Real-time cihazlarda kullanılması için ayrı bir ROX tüp referans standard olarak sağlanabilir.Real-time deneylerde optimizasyon prosedürü tıpkı standard FailSafe PCR sistemlerindekinin aynısıdır – böylelikle basitçe her bir real-time PCR Mix’i kullanarak, en düşük eşik dönğüsü (Lowest threshold cycle-CT) ve en iyi erime eğrisine bağlı olarak en uyumlu PreMix’I seçebilirsiniz.

FailSafe PCR Enzyme Mix patentli thermostable (ısıya karşı dayanıklı) DNA polimerazlarin bir karışımıdır ve hatalari düzelten bir özelliği vardır. Enzimlerin bu karışımı mükemmel bir PCR verimliliği sağlar ve sadece normal Taq DNA Polimeraz kullanan sistemlere göre çok daha yüksek doğruluk verip hatta en zor DNA örneklerinin çoğaltılmasına olanak sağlar. DNA örneklerinin kaynağına ya da özelliklerine bakmaksızın, bu enzim karışımı içerdiği yüksek GC bileşeni ile DNA’ları verimli bir şekilde kolayca çoğaltır.

Evet. FailSafe PCR Sistemi 3 farklı amplifikasyon ürün tipi verir; bunlardan ikisi klonlamaya uygundur.

Bu ürün tipleri:

• PCR products with non-template A’s : Her iki uçta üretilen ve TA klonlama uygulamalarında T vektörler kullanan ürünler. Ayrıca Topo-TA klonlama ile kullanılabilen ürünler.
• PCR products with blunt ends on both ends : Bu tür ürünler sadece uygun bir vektöre blunt-end klonlama yapılabilir.
• PCR products with non-template A on one end and a blunt end on the other: PCR ürünlerinin çeşit oranı kullanılan template’e bağlı olarak değişiklik göstercektir ve bu yüzdendir ki PCR reaksiyon tiplerini ürettiği PCR ürününe göre birini diğerine göre favori/özel kılacak bir geçerli bir klavuz söz konusu değildir.

Hangi FailSafe PCR PreMix’in, seçilmiş template/primer kombinasyonu ile en iyi çalışacağını deneyimlemeden kesin ve net söylemek neredeyse imkansızdır. En iyi optimizasyon için bütün PreMix’lerin kullanılmasını şiddetle tavsiye ediyoruz. Eğer sadece seçilmiş PreMix’ler ile test yaparsanız, belli bir amplicon için optimum şartları gözden kaçırma riskine girmiş olursunuz ve bu size, yanlışlıkla reaksiyonunuz için aslında hiç de optimal olmayan PCR ortamını hazırlatmış olur. Bu durumdan kaçının ve deneylerinizde boşuna vakit ve emek kaybetmeyiniz.

FailSafe 20 kb uzunluğundaki template’leri çoğaltabiliyor. 10 Kb’den büyük template’ler için 2.5 units FailSafe PCR Enzim Mix kullanılmasını tavsiye ediyoruz. 10 Kb’den küçük template’ler için de 50-μl reaksiyonlarda 1.25 units tavsiye ediyoruz.

MasterAmp Extra-Long PCR kiti 20Kb den büyük 40 Kb’ye kadar olan uzunluktaki örnekleriniz için ideal kitimizdir.

FailSafe Enzim Mix’in doğruluğu yaklaşık olarak Taq Polimeraz’a kıyasla 3 kat daha iyidir. Bu demek oluyor ki; Taq Polimeraz doğruluğu ortalama 9000 bases da 1 iken FailSafe replike doğruluğu 27,000 ile 30,000 de 1’dir. Pfu, Pwo ya da Phusion gibi digger proofreaderlar gibi iyi olmasa da, herhangi bir dizileme cihazında sekanslanacak RNA-Seq ya da DNA-Seq kütüphaneleri için çok kolay bir şekilde yeterli bir değerdir.